Im Rahmen einer MES-Installation muss primär die Architektur des Systems bestimmt werden. Im Firmennetzwerk muss ein Datenbankserver zum Archivieren der gesammelten Informationen integriert werden. Dies geschieht in der Regel über virtuelle Server, die beispielsweise in einer ESX-Umgebung laufen und ein autarkes System darstellen. Der Server muss in der Lage sein, mit weiteren relevanten Systemen wie ERP, CAQ und andere zu kommunizieren.
Die Protokollverbindung zur Maschine lässt sich über eine physikalische Netzwerkverkabelung oder drahtlose WLAN-Anbindungen schaffen. Für die Kommunikation mit der Maschine werden in den meisten Fällen geeignete MES-Terminals eingesetzt, welche die Schnittstelle zwischen Maschine und MES bilden. Protokolle wie TCP/IP oder OPC-UA dienen der MES-Software, um die Kommunikation zwischen den verschiedenen Teilnehmern zu etablieren.
Laufen alle gewünschten Maschinendaten zentral auf dem MES-Server auf, muss die horizontale Integration in die vorhandene IT-Landschaft erfolgen. Über spezielle Schnittstellen werden die anzubindenden Systeme wie ERP und CAQ mit MES verbunden. Der Austausch von Daten erfolgt hierbei in der Regel bi-direktional.